Pathways sind die Abbildung von Stoffwechselzyklen in Graphen. In einem Pathway sind die verschiedenen Zustände und Übergänge von chemischen Stoffen dargestellt. Ein Beispiel eines solchen Vorganges wäre die Biosynthese eines Vitamins.

Die Knoten in Pathways entsprechen Genen, die in einem oder mehreren Pathways vorkommen können

Ziel dieses Projektes ist es die Zusammenhänge zwischen einem Pathway und allen abhängigen Pathways aufzuzeigen

Die zugrunde liegende Relation dafür ist das Vorkommen eines Genes. Ein Pathway steht also in Beziehung mit einem Anderem wenn in beiden das gleiche Gen vorkommt.

Eine Illustration des gewuenschten Ergebnisses zeigt die zweite Grafik. Die Relationen von Pathway 1 zu anderen Pathways werden abgebildet. Dabei werden die Pathways mit beschrifteten Kurven verbunden. Da ein Gen aber viele Pathways beinhalten kann, und daher ein Pathway eine Vielzahl an Relationen hat, ist dieser einfache Zugang oft nicht ausreichend. Eine Strategie das Problem der zu vielen Relation zu lösen, besteht darin, neben dem Pathway eine Liste der beinhalteten Gene zu zeigen, und immer nur für das selektierte Gen die Relationen anzuzeigen.

Ein komplexerer aber besserer Ansatz wäre die Beziehungen in einem Hyperbolic Tree anzuzeigen. Solch ein Baum ist in der letzten Grafik illustriert.

Die Arbeit wird im Caleydo Framework durchgeführt. Programmiersprache ist Java, für Grafiken wird OpenGL verwendet.

Der Umfang wird je nach Projekttyp gestaffelt. Fuer Diplomarbeiten ist eine Hyperbolic Tree oder aequivalente Implementierung vorgesehen.

Projektwebsite: www.caleydo.org